分類方法有很多不同的系統(tǒng)，應(yīng)用不同理論的人，可以有不同的分類方法。以前的生物分類，主要靠生物體的外形，構(gòu)造與生理等等特征而作。所以以前多使用兩個世紀以前的林奈氏(Lineaus)方法，生物按其營養(yǎng)方式而分成動物界及植物界兩界。但在這分類當中并未能為病毒安排適當?shù)南唬壹毦c真菌被編排在植物界有甚多的爭議。一些原生生物也可以兼?zhèn)鋭游锱c植物的營養(yǎng)方式。這些都成為了分類上的難題。

 

現(xiàn)代的生物分類方法，主要是依據(jù)生物的遺傳，進化和品種發(fā)生(phylogeny)的關(guān)系而作。在品種發(fā)生上關(guān)系的親疏，又會隨著新證據(jù)的出現(xiàn)而進行修訂。所以生物分類的方法是會經(jīng)常改變的。所以在我們要進行生物分類工作時，我們應(yīng)注意到生物的進化或某些器官的發(fā)生先后次序，然后再先采用較主要或較明顯的特征，后才采用較次要，或較不明顯的特征。高等程度考試接受的分類準則，就是按這準則把生物分成五大類，稱為五個界(kingdoms)。它們是原核生物界(KingdomProkaryota)，原生生物界(KingdomProtoctista)，真菌界(KingdomFungi)，植物界(KingdomPlantae)和動物界(KingdomAnimalia)等。但病毒Viruses卻仍未能得一席位。

 

在1970年代卡爾胡斯(CarlWoese)從研究分子進化時，研究細胞的核糖體核糖核酸(rRNA)中氮基的排列次序而把生物分類作出調(diào)整。他認為從細胞的核糖體核糖核酸(rRNA)顯示生物應(yīng)分成三大類，稱為古細菌類，細菌類和真核類，且把這分類層次放在原有的五界之上，稱為域(Domain)。這就成為了三域：古細菌域(DomainArchaea)，細菌域(DomainBacteria)和真核域(DomainEukarya)。其中的古細菌域和細菌域是從原有的原核生物界(KingdomProkaryota)分出來的。因為它們都是單細胞生物，而且它們都沒有帶膜的胞器。但原有的原生生物界(KingdomProtoctista)，真菌界(KingdomFungi)，植物界(KingdomPlantae)及動物界(KingdomAnimalia)都被歸納到真核域(DomainEukarya)當中。因為他認為從細胞的核糖體核糖核酸(rRNA)基因的排列次序得知古細菌與真核生物的源頭較為接近所致。